2001年4月， 公司在原有经营业绩基础上，发起创建了福建国航远洋运输股份有限公司，成为福建省首家民营股份制海运企业。
2002年3月，为参与上海国际航运中心建设，公司逐步将管理中心和经营中心移至上海，着手组建专业化船舶管理公司和经营公司。
2002年8月福建国航远洋公司首先在在福州成立党支部；2002年11月依法成立工会。
2003年3月，在上海成立了全资子公司上海福建国航远洋运输股份有限公司。
2003年11月，为了公司所属船舶的专业化管理，在上海成立了上海福建国航远洋船舶管理有限公司。
福建国航(香港)海运有限公司成立。
福建国航(香港)海运控股有限公司成立。
2004年12月，福建国航远洋运输股份有限公司更名为福建国航远洋运输（集团）股份有限公司，简称福建国航远洋集团，从此实行集团化管理。
2004年12月18日，为了缓解“煤电油运”紧张局面，经交通部批准，福建国航远洋与中国国电集团公司所属电厂合资成立上海国电海运有限公司，承担了中国国电集团沿海沿江大型电厂的电煤运输任务，集团从此进入了快速发展轨道，业务范围和企业规模得到了迅速发展，无论运力、市场知名度和经济效益都达到了一定水平。当年集团运力规模首次跻身国内前十。
2005年10月，公司按照“保障健康，保证安全，保护环境”的安全管理和环境保护方针，和ISM规则和NSM规则的要求，建立了安全管理体系(SMS)，并在所有船舶实施国际上先进的“ISM”（国际安全管理和防污染体系）管理体系。公司至今已持有ISM/DOC 、NSM/DOC、巴拿马船籍/DOC和香港船籍/DOC等4张管理资职证书
2007年上海国电海运有限公司被评为虹口区私（民）营企业20强，被评为国内沿海运输企业资质信誉最高等级——AA-，获得资质信誉优良企业称号，列参评企业资信排行榜前三甲。11月26日上海国电海运公司又被命名为上海市百强私营企业,被排在综合实力第62位、商业服务业第37位。
国电海运（香港）有限公司成立。
2007年12月28日集团上海单位党委正式成立，下辖4个机关成立党支部，并在所属船舶中了党支部，创建了民营企业党支部建在船上的特色。
船队规模在交通部颁布的“2007年中国航运企业经营的船队规模排名表”中排名第六。
2007年6月18日，福建国航远洋集团与武汉理工大学航运技术开发公司合资成立上海国远劳务服务有限公司。
2007年，集团运力进一步发展，至2007年底船队规模在“2007年中国航运企业经营的船队规模排名表”中排名第六。已经成为中国沿海干散货运输与电煤运输市场上重要的骨干力量，名列国内煤炭海运前三甲。
2008年5月国航远洋集团再与国电集团深度合作，合资成立了天津国电海运有限公司，成为海运界国有大型货主与民营航运企业合作的典范。
2008年8月，国航远洋与民生金融租赁公司和中国船级社签订了建造18艘巴拿马型散货船战略合作协议，这是国航远洋发展史上一件大事。它不仅成为航运界与金融业、CCS合作的典范，而且还为集团进一步的发展开辟了稳定的融资渠道和船舶检验渠道，同时也大大提升了国航远洋集团的声誉和影响。
2008年11月“福建国航远洋研发基地”项目正式启动
集团新增8艘巴拿马型和灵便型散货船，至2009年底，集团总控制运力已经达到153万吨，排名全国第五，外贸运力首次跻身全国前十，位列第九。
2010年1月，福建国航远洋集团公司荣获“2009年度最佳船公司”称号
2010年5月18日福建国航远洋集团经福州市直贸发系统党委批准正式成立党委
2010年9月17日，福建国航远洋运输（集团）股份有限公司、平潭综合实验区交通投资发展有限公司、华冈投资股份有限公司（台湾）三家企业在平潭签订合同，投资海峡高速客滚航运项目。
2011年9月5日，中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长吴邦国，在福建省委书记孙春兰等陪同下视察“海峡号”。
2011年11月30日，“海峡号”高速客滚轮在福建平潭综合实验区澳前码头举行首航仪式，正式开通平潭至台中海上直航航线，这也是目前大陆至台湾本岛航行时间最短的航线。
2011年11月30日，“海峡号"载着507名乘客成功从平潭首航台中，并于次日下午从台中港顺利返回平潭。
2012年2月，王炎平董事长、张轶副总裁随习近平副主席访问美国
2012年6月15日，中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林在省委书记孙春兰等陪同下，考察平潭海峡高速客运码头
2012年8月，《2011中国航运发展报告》发布，国航远洋船队列全国第六、沿海第三
2012年12月26日，刚刚履新的福建省委书记尤权在福建省副省长陈桦及平潭综合实验区相关领导陪同下莅临，依次参观了澳前码头航站楼及“海峡号”，对我司工作表示肯定
2013年1月6日，国航远洋集团与国家开发银行签署《开发性金融合作协议》
2013年6月15日上午，中共中央政治局常委、全国政协主席俞正声，全国政协副主席、台盟中央主席林文漪一行在福建省委书记尤权陪同下视察“海峡号”
2013年8月，《2012中国航运发展报告》发表，国航远洋排名跃升至全国第五
2013年9月5日，国航远洋集团与中国船级社签订“战略合作协议”
2013年10月9日，“海峡号”成功首航台北，标志着两岸“黄金水道”正式开通，两岸交流合作谱写出新篇章
2013年10月28日，中共中央政治局委员、国务院副总理汪洋考察平潭登上“海峡号”
2014年10月，《2012中国航运发展报告》发表，国航远洋排名全国第六，外贸排名全国第九
2014年11月1日中共中央总书记、国家主席习近平登上即将开往台湾的“海峡号”客轮，与两岸同胞交流
2014年12月24日，国航远洋集团荣获全国交通行业首批绿色循环低碳示范项目奖项
2015年8月，《2014中国航运发展报告》出炉，福建国航远洋集团运力规模继续列前，运力规模排名位列全国第七位。国内沿海运力仍排在中海、中远之后列第三，继续位于我国航运企业经营运力规模的前列
2015年8月4日，福建国航远洋运输（集团）股份有限公司在全国中小企业股份转让系统（简称新三板）正式挂牌。公司证券简称：福建国航远洋；证券代码：833171
2015年12月18日由中国船东协会、上海自贸区管委会等主办的“2015年度中国航运颁奖盛典”在上海举行， 福建国航远洋董事长王炎平先生进入“2015年度最受航运界关注的100位中国人总榜单”，并荣获“2015年度干散货运输领域十大人物”称号
2016年4月11日集团在中国（上海）自由贸易试验区成立全资子公司上海质汇物资有限公司
2016年8月31日，集团在上海成立控股子公司上海蓝梦国际邮轮股份有限公司
2016年10月，《2015中国航运发展报告》发表，国航远洋排名全国第六，沿海船队排名全国第四
2016年12月18日由中国航运百人组委会评选的“2016年度最受航运界关注的100位中国人”榜单正式发布，公司董事长王炎平先生进入“2016年度最受航运界关注的100位中国人总榜单”
2017年10月24日，国航远洋与上海市金山区签订《金山新城邮轮母港城市综合体项目合作协议》
2017年11月24日，全联会议国务院总理李克强接见王炎平董事长
2017年12月1日，集团公司及全资子公司上海国电海运公司与武昌船舶重工集团有限公司签订《3+5艘86,000载重吨散货船建造合同》
2018年2月, 集团当选中国船东协会副会长单位
2018年11月3日 由集团牵头成立福州市船东协会，董事长王炎平当选为第一届会长。
2020年3月先后向社会捐赠近五百万元的口罩及其他防疫物资，评为“福州市抗击新冠肺炎疫情爱心捐赠企业”。
2020年8月23日集团旗下86000吨“卡萨姆型”干散货船全球首制船——“国远82”轮正式接船首航。
2020年12月15日福建国航远洋运输（集团）股份有限公司与俄罗斯埃尔加集团签署十年战略合作协议。
2020年12月 集团当选中国船东互保协会副董事长单位。
2021年4月6日福建国航远洋运输（集团）股份有限公司与闽江学院签署战略合作协议
2021年4月13日福建国航远洋运输（集团）股份有限公司参加海南自由贸易港2021年(第二批)重点项目集中签约仪式
福建证监局已于2021年10月受理公司精选层挂牌辅导备案材料，集团北交所上市势在必得
第二届联合国全球可持续交通大会于2021年10月14日至16日在北京举行。集团作为出席大会的中国民营航运代表企业，将积极响应习近平主席的号召，为“共同建设一个持久和平、普遍安全、共同繁荣、开放包容、清洁美丽的世界”出一份力，推动构建人类命运共同体。
2021年12月7日，集团与广西旅游发展集团有限公司签署战略合作协议，正式达成战略合作关系。
2021年12月14日，集团组织架构中新增“绿色智能航运科技研发中心”，该中心将聚焦智能航运研发和大数据应用以及绿色低碳节能船舶技术。
国航远洋集团与中国（上海）自由贸易试验区临港新片区管委会进行线上项目签约活动，集团常务副总裁周金平作为代表出席线上签约。
国航远洋集团成立集团工会，加强各地联动，更好地发挥工会组织在企业发展中的统筹和纽带作用，进一步做好集团全体职工的关怀服务，为企业发展保驾护航。
2022年9月2日集团与宁德时代、CCS.佳豪设计院共同签署《船舶电动化战略合作协议》
2022年10月19日集团顺利通过北交所上市委员会2022年第54次市议会议认定我司符合发行条件、上市条件和信息披露要求
2022年12月2日集团向不特定合格投资者公开发行股票并在北交所上市网上路演
2022年12月15日国航远洋正式北交所上市与12家企业达成重磅战略合作
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