为缓解“煤电油运”紧张局面，经交通部批准，福建国航远洋运输（集团）股份有限公司于2004年12月组建了上海国电海运有限公司。公司经营业务以沿海、 沿江电厂的电煤运输为主，兼营其他散货运输。成立至今上海国电海运有限公司始终坚持大客户战略，以承运中国国电集团所属大型电厂的电煤运输为依托，先后与 中国神华集团、中国华电集团等建立了长期运输服务关系。经过多年的运作，无论运力、市场知名度和经济效益都达到了一定水平。2007年上海国电海运公司度获得上海市民营百强企业称号。 2007年9月，上海航运交易所在对全国267家国内水路运输企业的资信评估中，国电海运被评为最高等级AA-。国电海运在自身壮大的同时，为地区经济做 出了重大贡献，每年都获得地区纳税贡献奖。                                 

天津国能海运有限公司成立于2008年5月30日，是由国电燃料有限公司和福建国航远洋运输（集团）股份有限公司共同出资组建的合资公司。该公司主要为中国国电集团所属各发电企业提供电煤运输服务，自2009年起，公司进入天津经济技术开发区百强企业排行榜。

国电燃料有限公司是中国国电集团所属专门为国电集团发电企业提供燃料供应的全资子公司，负责中国国电集团发电企业的燃料采购和供应。天津国能海运有限公司主要从事国内沿海及长江中下游普通货物运输、国际海上运输代理服务、国内货运代理服务以及货物进出口、技术进出口等业务。天津国能海运有限公司承担国电集团所属沿海、沿江各大电厂的电煤运输。                                 

上海福建国航远洋船舶管理有限公司是福建国航远洋集团根据船舶管理专业化发展的要求，在上海成立的船舶管理公司。自公司成立以来，以管理内部船舶为依托，逐步推向市场，用专业化的船舶管理水平为企业发展保驾护航，以适应集团公司快速发展的需求。

上海福建国航远洋船舶管理有限公司承担了国航远洋集团内所有船舶的管理任务。公司拥有一支优秀的专业化船舶管理队伍，管理人员100％具有大专以上的学历，100％持有船长、轮机长高级证书，具有丰富的航海实践经验和科学管理资历，其中既有具备丰富航海经验的总船长、总轮机长，又有40岁左右的中坚力量，更有充满活力的年轻业务骨干。此外还聘请数名航运界知名人士担任公司顾问，共同参与公司重大决策，为公司安全生产、经营决策等各方面健康发展奠定了坚实的基础。

公司依照国际航运科学管理的手段，按照船东、经营、管理分工合作的原则，在所有船舶上实施国际上先进的“ISM”（国际安全管理和防污染体系）管理体系，公司根据自己的实际情况，制定了相应的安全管理手册、安全管理程序文件以及各船舶操作手册等相关体系文件，获得海事部门颁发的“符合证明”。经营国际航线的船舶则连续无缺陷通过多个港口国检查。                                 

为提高公司现有物资及燃料管理工作的专业化和精细化水平，在不同市场环境下保障物资及燃料供应的稳定性,满足公司逐年增长的物资及燃料采购需求，并大力开拓海外船舶燃料、物料、备件市场和渠道，集团在上海自贸区于2016年4月设立了上海质汇物资有限公司，主要经营销售船舶设备及配件、燃料油、润滑油、机电设备等和进出口贸易。                                

福建国航（香港）海运控股有限公司是集团迈向国际航运市场的桥头堡。该公司经国家商务部批准，于2004年在香港成立。                                

2003年，集团在上海设立了全资子公司——上海福建国航远洋运输有限公司。企业在经营中以诚信为本，被大公国际资信评估有限公司评为AAA诚信企业，被福建省驻沪办评为先进单位，被上海市虹口区人政府评为先进非公企业。                                

福建中能电力燃料有限公司是集团全资子公司。公司已获得煤炭经营许可证，系福建省煤炭工业协会会员单位。                                

国航海洋（海南）能源科技有限公司成立于2021年7月8日，为集团全资子子公司，主要从事海洋工程设备销售，海洋气象服务，海洋环境服务等